本教會前身為九龍城浸信會禧年小學禮拜堂，於一九八九年二月二十六日開始在禧年小學禮堂舉行第一次主日崇拜。本會鼓勵會友委身遵行主耶穌的大使命，特別以將福音傳遍富安花園、大水坑村及馬鞍山地區為目標，同時亦積極協助禧年小學學生福音工作。

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一九九五年十月，本教會在富安花園商場一樓購置了一單位，作為本教會之辦公室（商場副堂），同時也可作小組聚會、祈禱會等用途。承蒙上主的厚愛，本教會於一九九九年九月十二日自立，定名為富安浸信會禧年堂，繼續竭力推動區內及校內福音事工，作為神的燈台。

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​​二零二一年，神給予教會信靠順服、家庭復興及得著社區的異象，先後於大水坑村預備了三個想連單位可租用，分別名為：心靈小築，心靈花園及心靈小築，以服侍社區的年青人、兒童及長者與成年人，並接待社區身心靈有需要休息及安慰的教會群體。